NCBI []
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是称之为宾夕法尼亚州国立生物新技术专门机构
EMBL []
欧洲小分子生物学实验室室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）
DDBJ []
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是全世界三大DNA 索引之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI索引合作构成国际DNA索引
CNGB []
当东亚东欧国家索引（China National GeneBank）坐落广州燕子主城区，是自始全世界三大索引之后的在全世界上第四大东欧国家级索引。它是当东亚首个，也是唯一一个东欧国家胺基酸库，相对于在全世界上另外三个胺基酸库而言，东欧国家胺基酸库混合物保存的规模、存储量和可访问的资料量皆是在全世界上最主要。
BIGD []
当东亚东欧国家胺基酸组医学服务给予商 肉体与健康大服务给予商 (National Genomics Data Center BIG Data Center)
2、非编码方式RNA索引（1）.非编码方式小RNA索引miRBase []
piRNAbank []
piRNAbank []
SILVA []
（2）.长非编码方式RNA索引：LncRNAdb []
真核生物
LncRNAwiki [_Page]
人类长非编码方式RNA索引
（3）.非编码方式RNA家人和索引Rfam[]
类似于Pfam的RNA家人和释义索引
（4）.非编码方式RNA多肽索引RNAcentral [ ]3、线粒体索引（1）.线粒体数据Human protein atlas [ ]
消化道细胞在细胞、民在在组织、病理条件下的表示
（2）.细胞多肽索引Pfam []
Pfam是线粒体家人和的索引，包括使用隐马尔可夫模型生成的释义和多多肽基因序列。
SwissProt []
手动释义的非冗余细胞多肽索引
UniProt [ ]
PIR []
Antibodies []
BRENDA [ ]
HPRD []
InterPro []
通过统合多个细胞关的索引，给予了一个方便的对细胞多肽进行机能释义的跨平台，包括对线粒体家人和、结构上域、机能碱基的假设
iProClass []
PRF []
REBASE []
（3）.线粒体结构上索引PDB []
通过实验室测定的结构上
SCOP []
CATH []
PSI []
（4）.细胞组索引PRIDE []（5）.线粒体机能域索引PROSITE []
最上半年
Pfam []
最工程新技术
ProDom []
CCD []
Prints []
SMART [ ]
TIGRFAM []
（6）.细胞互作索引STRING []
DIP []
实验室可验证的细胞基本粒子索引
BioGRID [] ：
IntAct [ ]
4、葡萄糖索引MapMan：一个机能强大的葡萄糖除此以外查看和编辑该软件
（1）.葡萄糖除此以外索引KEGG []
GO []
NCBI BioSystems []
IMP []
plantCyc []
MANET [ ]
MetaNetX [ ]
（2）.葡萄糖组学常用索引MataboLights []
HMDB []
YMDB []
ECMDB []
（3）.表型索引Planteome []
dbGaP []
IPPN []
5、多肽基因序列（1）.多肽与索引基因序列Blast []（2）.多多肽在在基因序列Clustal（3）.多肽进化树深入研究MEGA6、胺基酸深入研究（1）.胺基酸数据GeneCard []
Gene Wiki[_Wiki ]
（2）.胺基酸释义Blast []
Interproscan []，
WEGO []
KAAS []
（3）.胺基酸机能假设：FGENESH []
AUGUSTUS [ ]
GENESCAN []
GeneMark []
Glimmer []
（4）.胺基酸结构上假设Exon-Intron Graphic Maker []
根据候选胺基酸的外显子和内含子等数据绘制胺基酸结构上
Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]
可的主页获取细胞结构上域的释义和前方数据
（5）.相似性胺基酸深入研究OrthoDB是直系相似性物的示范目录[]（6）.亚细胞适配假设PSORT Prediction []（7）.特异性深入研究Plantcare []（8）.诱导旨在胺基酸的miRNA假设psRNAtarget []（9）.表示深入研究ArrayExpress [ ]
资料来自EMBL的高通量机能胺基酸组学实验室的资料；
BAR []
在深入研究胺基酸机能时，有时候会参考资料胺基酸的表示方式上，即胺基酸在树种各不相同民在在组织各不相同发育时期的表示丰度变化。通过的主页深入研究主页BAR对候胺基酸进行表示深入研究。 是一个树种生信深入研究资源主页，用该主页深入研究胺基酸表示时，不仅可以拿到胺基酸表示方式上的热图，还可以拿到仿真的电子电子显微镜图片，清晰呈现胺基酸在树种民在在组织当中的表示前方。
（10）.胺基酸结构上绘制GSDS []
Gene Structure Display Server，基于胺基酸组释义明文绘制多肽胺基酸结构上等机能
7、线粒体深入研究（1）.细胞二级三级结构上假设及绘图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL []（2）.细胞功用深入研究ProtParam []
细胞功用深入研究是称之为细胞的一些物理和化学给定，如小分子量、等电点、残基和原子构成、消光数值、半衰期、不安定数值、脂质人和残基称之为数、亲湿热。这些给定，有助于进行细胞的关的生化实验室。比如在胃体系（大肠杆菌、酿酒酵母等）表示和纯化旨在细胞时，需要考量细胞的小分子量、等电点、消光数值、不安定数值和亲湿热等。在蛋白来生实验室当中，也需要根据这些给定改进实验室体系。
（3）.细胞亲上书湿热深入研究Protscale []
细胞残基的亲上书湿热主要由其侧肽键配体R，如果R只是H或是C、H两锕系元素构成的话，都是上书水的，如果富含水小分子侧肽键配体，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是水小分子的（亲水的）。上书湿热残基有半胱氨酸、色氨酸、苯羧酸、脯氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、羧酸和蛋氨酸（甲硫氨酸）。上书湿热残基在线粒体实际上，在保持线粒体的三级结构上上，蛋白和基质、抗体和抗原在在的基本粒子等各种非共价的小分子相辅相成层面，具备关键作用。
（4）.衔接内层结构上深入研究TMHMM []
细胞的衔接内层结构上深入研究对于假设细胞的亚细胞适配密切关的。如果具备衔接内层结构上，细胞很可能适配于细胞当中与内层关的的结构上，如线粒体内层、线粒体内层或核糖体内层等内内层系统。此外，细胞衔接内层结构上深入研究对于细胞机能深入研究也有一定的鼓励。比如某细胞并未衔接内层结构上，但是亚细胞适配实验室显示其可适配于内层关的结构上，这明确指出该细胞可能通过其他内层适配细胞招募过去的。
（5）.接收机肽深入研究SignalP []
岩接收机前方为接收机肽切割点，岩在此之后的多肽为接收机肽
接收机肽是称之为指引新小小分子的线粒体向分泌通路转回的短肽肽键，常坐落细胞的N-一端，全由把线粒体指引到各不相同内层结构上的亚细胞器内。编码方式分泌细胞的mRNA在译成时首先小小分子N一端的接收机肽，它被接收机肽标识细胞(SRP)所标识，SRP将核糖体携带至上皮细胞上，上皮细胞内层上的 SPR 介导标识并与之相辅相成。新小小分子细胞在接收机肽指引下到达上皮细胞内腔，而接收机肽则在接收机组氨酸的作用下被切除。由于它的指引，新生的核糖就能够通过上皮细胞内层进入腔内，之后被分泌到胞外。在宿主菌当中表示其会细胞时，举例来说接收机肽指引其会细胞适配分泌到胞外，提高细胞可溶性，在噬菌体表示系统（大肠杆菌、菌类杆菌等）和真核表示系统（如毕秃酿酒酵母）当中均有应用。
（6）.线粒体碱基深入研究NetPhos []
KinasePhos-2.0 []
线粒体线粒体称之为由线粒体激蛋白催化中间体的把 ATP 的磷酸基转回到底物线粒体残基碱基（丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸）上的步骤，或者在接收机作用下相辅相成 GTP（有时候以 GTP 取代 GDP），是生物体内一种普通的诱导方式，在细胞接收机转导的步骤当中起关键作用。在接收机达到时通过拿到一个或几个磷酸上市公司而被激来生，而在接收机减弱时能去除这些上市公司，从而失掉来生性。有时某个接收机细胞线粒体有时候带来下游的细胞依次发生线粒体，呈现出线粒体激来生中间体。
二、蛋白质组学该软件及电子书肽键接：
Clustal:
MEGA:
MAFFT:
Sequence Matrix:
PGDSpider:
DnaSP v6:
Arlequin:
MapMan：
PartitionFinder:
jModelTest:
IQ-TREE:
IQ-TREE的主页:
RaxmlGUI:
Mrbayes 3.2.7:
PhyloSuite:
BEAST:
Figtree:
Tracer:
PopART:
Network:
Structure:
CLUMMP:
Distruct:
Migrate-N:
Phylonet: 或
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